สีม่วง : มาจากสีม่วงกับสีทอง ที่เป็นสีประจำจังหวัดพิษณุโลก
ดังนั้นจึงนำสีม่วงมาเป็นสีประจำสโมสร
ส่วนสาเหตุที่ไม่นำสีทองมาเป็นสีประจำสโมสรเนื่องมาจาก
ในยุคก่อตั้งสโมสรยังติดในเรื่องปัญหาของสีเนื้อผ้าสีทอง
แม้แต่สีม่วงก็ยังประสบปัญหานี้อีกด้วย ดังนั้นชุดแข่งขัน
ของสโมสรฟุตบอลพิษณุโลกอย่างเป็นทางการชุดแรก
จึงทำให้เป็นชุดสีน้ำเงิน

สีดำ : หลังจากสโมสรใช้สีม่วงกับสีขาวเป็นสีประจำสโมสร
ในยุคหนึ่งได้มีการเปลี่ยนสีของชุดเยือนมาเป็นสีดำ
จึงได้มีการบัญญัติความหมายของสีให้เป็นตัวแทน
"พระองค์ดำ" เพื่อเป็นขวัญกำลังใจให้กับบุคคลากรของสโมสร
จะสังเกตุได้จากในทุกครั้งก่อนลงทำการแข่งขัน
ผู้เล่นและสตาฟ์ฟทุกคนจะมารวมใจกันและเปร่งคำว่า "องค์ดำ"